酶联免疫吸附测定enzyme linked immunosorbent assay（ELISA）指将可溶性的抗原或抗体结合到聚苯乙烯等固相载体上，利用抗原抗体结合专一性进行免疫反应的定性和定量检测方法。分为夹心法，间接法和竞争法三种。

ChiRP（Chromatin Isolation by RNA Purification ）是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法。该方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针，把目标RNA拉下来以后，与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上，后通过qRT-PCR、测序、免疫印迹法和质谱分析等确定目的RNA、DNA和RNA结合蛋白（RBPs）。

研究DNA结合蛋白与其靶DNA之间相互作用的主要实验手段之一。原理及流程如下： 链亲和素磁珠能够与生物素标记DNA/蛋白复合物结合。在磁场下或通过离心使结合物与上清液分离，吸弃上清液并洗涤磁珠，然后用SDS样品液使蛋白变性而与磁珠分离。分离液中的蛋白质用SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）或双向电泳分离，SDS PAGE用高灵敏度考马斯亮蓝（CBB）染色。然后从染色胶上切下所需蛋白带进行质

RNA pull down实验 检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间的相互作用。使用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过western blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。

荧光素酶报告基因是指以荧光素（luciferin）为底物来检测萤火虫荧光素酶（fireflyluciferase）活性的一种报告系统。荧光素酶可以催化luciferin氧化成oxyluciferin，在luciferin氧化的过程中，会发出生物荧光（bioluminescence）。与荧光蛋白不同的是，荧光素酶不需要额外光源，但是需要加入荧光素。

CHIP-seq，指的是结合位点分析法，作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。